C’est à l’intérieur de ce quartier que les archéologues ont découvert les vestiges parmi les plus anciens de l’occupation de l’homme à Paris. Des fouilles ont été entreprises dans le quartier de Bercy et ont permis de mettre au jour des vestiges d’un village de la période préhistorique (entre 4 000 et 3 800 av. J.-C.), qui fut établi sur la rive gauche de l’ancien bras de la Seine, dévoilant un matériel archéologique exceptionnel : pirogues en bois, poteries en tout genre, fleches et arcs, outils en os et en pierre.
Bercy était plus connu sous l’époque de Louis le Gros.
C’est ensuite au 12ème siècle qu’apparut pour la première fois le nom de Bercy ou Bercix dans des actes notariés. Le domaine appartint un temps à la famille de Montmorency avant d’être récupéré par les Malons qui feront aménager par Le Vau au 17ème siècle, un manoir fortifié en magnifique château. A la meme période, la noblesse et la bourgeoisie font construire des maisons de plaisance le long de la Seine.
Au 19ème siècle la commune de Bercy est dissoute et son territoire disséminé entre Paris et Charenton. Le domaine sera progressivement démantelé pour permettre la construction de la voie de chemin de fer Paris-Lyon, l’agrandissement du bois de Vincennes et en particulier la refonte des entrepôts de vin par Viollet-le-Duc.
Ces derniers, installés dès le 18ème siècle à l’extérieur de la barrière d’octroi de la Rapée, ils sont alors en pleine expansion. Les tonneaux Pour Paris arrivent par bateaux, puis sont débarqués et entreposés dans les chais de Bercy. Cette activité florissante perdurera jusqu’au milieu du 20ème siècle.
À la fin du 20ème siècle, la rénovation du quartier sonnera la fin des entrepôts mais leur souvenir perdurera dans le parc qui les a remplacés depuis et ce jusque dans le nom de la station de métro qui le dessert : la Cour Saint-Émilion. Ce sont leur architecture, qui faisait l’identité du quartier, qui a également inspiré la mise en place d’une zone commerciale et de loisirs à savoir Bercy Village, avec ses boutiques et ses terrasses. A l’Est de cette zone fut aménagé un quartier d’affaires organisé autour de la place des vins de France.
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